Bienvenue dans l'ére cosmique des séries Gundam Seed. En changeant de calendrier l'Humanité pensé son avenir diriger vers l'exploration spatiale. Hélas, tout ne s'est pas passé comme prévu. La création, d'abord secrète, d'un humain génétiquement amélioré: George Glenn, à chambouler tous les plans des terriens. Certains se sont dressés contre ses modifications génétiques jugées contre-nature alors que d'autres ont décidé de les utiliser pour choisir les points forts de leurs enfants ou leurs caractéristiques physiques. Rapidement, l'Humanité s'est retrouvée divisée avec d'un côté les naturels et de l'autre les coordinateurs génétiquement modifiés. Une première guerre n'a pas tardé à éclater.